研究所
研究所在日本稱為「大學院」，設有修士課程（日本把『碩士』稱為『修士』）和博士課程。
碩士課程與博士課程可分為兩種；
a.博士前期課程或稱碩士課程（二年），以及後期課程（三年）
b.博士課程五年一貫制（五年）。
醫、牙、獸醫系並沒有碩士課程，而只有博士課程，博士課程為4年，但需在同科系的大學完成6年的大學課程。
修完碩士課程者經過論文審查及考試及格可取得「碩士」學位，修完博士課程而獲準提出博士論文，並經過審查、口試通過後，即可取得「博士」學位。大學畢業後也可經由研究生、聽講生、科目等履修生再參加研究所的入學考試。
研究所的教育內容
日本研究所可分為兩大類，專門職大學院及大學院。
- 專門職大學院有法科系、行政管理系、商務系、智慧財產系、會計系、教育系、醫療福祉系、臨床心理系、i、IT相關系等等
- 大學院以研究為中心，設有理工學系、文學及人文學系、外國語係、社會學及社會科學系、法學系、經濟系、經營系、生物自然科學系、醫學相關學系等等
大學及研究所正式生以外，有些大學及研究所設有研究生/聽講生/科目等履修生制度。
一般留學生會選擇大學院，因此以下將針對大學院提供資訊。
研究所入學資格
修士課程
- 大學(4年制)畢業並持有學士學位者。
- 在本國被大學的專攻學科或研究所認可為大學畢業，或具同等以上學力者。
- 在本國完成16年以上正規學校教育者（申請醫學博士課程者則應完成18年以上正規教育）。
- 在本國的大學在學三年以上，並修完進入研究所必要的學分且成績優秀者。
- 經過研究所的個別入學資格審査結果，被認定具有大學畢業同等或以上學力，且滿22歲者。
- 日本文部科學大臣特別指定者。
博士課程
- 有碩士學位或被認定具有同等或以上學力者。
- 外國已被授與相當於碩士的學位者。
- 經研究所個別入學審査被認定具有碩士學位或同等以上學力，且滿24歲。
博士課程(醫科、齒科、藥理科、獸醫科)
- 修完大學的醫科、齒科、藥科或獸醫科的本科課程(6年)者。
- 已修完大學的4年以上課程，並以優秀成績取得研究所所指定課程的學分者。
- 在外國修完18年學校教育課程，並以優秀成績取得研究所所指定課程的學分者。
辦理入學需要文件
一般要求如下：
- 入學申請書（學校格式）。
- 履歷書（學校格式）。
- 大學畢業或畢業預定證書。
- 碩士或預定取得學位證明書(限於博士課程)
- 最終學歷成績單。
- 畢業院校的研究(畢業)論文及其提綱。
- 研究(期望)計畫書。
- 保證人相關文件（備經費負擔人或父母印章）。
- 畢業大學校長、學務長或指導教授的推薦函。
- 健康診斷書（學校格式，至公立或市立醫院檢查，須照X光片）。
- 住民票(日本國內居住者) 。
入學考試
入學考試科目如下：
- 學力測驗
- 小論文或作文
- 面試
- 口試有關專攻科目
大多數研究所入學考試的考場設在日本，因此學生要到日本來參加考試。但也有部分學校只進行資料審核或者資料審核+網絡面試，合格後可以直接到研究所留學。
如何尋找指導教授
研究所報考準備上有三大重點——確定研究領域、撰寫研究計劃，還有找到“指導教授”。其中找到指導教授對留學生來說將會是比較棘手的問題。以下為在尋找指導教授時的注意事項。
- 尋找指導教授：部分日本研究所在網站或招生簡章中會刊有指導教授的信息以及聯繫方式，但一般來說，這些信息需要自己調查。建議學生通過各種方式獲得自己研究領域和相關研究人員的信息。如果查不到，可通過電話或郵件聯繫各研究科的“國際交流室”、“教務課”、“留學生支援室”等部門，詢問自己希望報考的教師的聯繫方式。另外，也可向有留日經驗的前輩或國內大學的教授請教。研究開發支援綜合目錄手冊(ReaD)・研究人員搜索提供搜索各方面的研究人員的服務，學生可參考。
- 聯繫方法：指導教授的郵箱等在網頁上有公開信息，即可直接發郵件（日語或英語）。撰寫郵件時，請注意以下事項。
- 首先簡單自我介紹並附上自己的聯繫方式。指導教授們每天會收到不少郵件，所以首次聯繫時的郵件內容要簡單、明確。
- 說明一下從何得知指導教授的信息並寫上選擇的理由。是否有人介紹？或在學術期刊裡看到對方的論文？最好能附上國內教授的推薦信。
- 告訴對方自己的研究成果和今後的研究方向，以及表明自己與對方的研究方向一致。
- 由於對方一般只能通過郵件判斷是否接收您，因此只通過一次郵件就馬上答應接收的可能性不大。請您耐心繼續多次交流並表達自己的誠意。
- 雖然發郵件非常簡便，但建議大家首次接觸指導教授時採用書信方式，以此給對方更加細心、鄭重的印象。
- 聯繫時間：並沒有明確的標準表示應該在什麼時間第一次與指導教授取得聯繫。研究所的招生簡章在入學前一年的6-8月份公布，最好是在這段時間之前確定指導教授並開始與對方獲取首次聯繫。
專職研究所
以培養在社會、經濟界具有高度專業能力的領導型人士爲目標的教育課程。具代表性的有:與法律相關的，培養法律專才的法侓研究所、會計研究所。
以英語授課並取得學位的研究所課程
日本研究所基本上已日語授課，但採用英語授課並可取得學位的課程正在増加中，同時，以英語和日語雙語並用的研究所課程，也幾乎可以單憑選擇以英語授課的選修與必修科目，而取得學位。研究所是否提供英文課程可諮詢校方。
